На прошлой Экспертной среде мы говорили о многоцентровых микробиологических исследованиях, которые проводит НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) и Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ) facebook.com/iacmac с 1998 года.
Сегодня заведующий лабораторией антибиотикорезистентности НИИАХ, к.б.н. Михаил Владимирович Эйдельштейн расскажет про онлайн платформы AMRmap и AMRcloud для автоматизированной обработки данных, полученных в ходе многоцентрового мониторинга антибиотикорезистентности.
Источник данных для AMRmap (AMRmap.ru) – результаты исследований, проведённых в центральной лаборатории НИИАХ, куда клинические лаборатории-участники направляют выделенные бактериальные изоляты В центральной лаборатории изучают их чувствительность к широкому спектру антимикробных препаратов с помощью референтных фенотипических и молекулярно-генетических методов .
AMRmap содержит данные об антибиотикорезистентности более 45 000 клинических изолятов. Это даёт возможность:
- проводить анализ этиологической структуры возбудителей различных инфекций,
- устанавливать активность разных препаратов в отношении отдельных видов и групп микроорганизмов,
- определять распространенность наиболее важных генетических маркеров устойчивости,
- сравнивать генотипы и фенотипы резистентности.
В AMRmap имеется широкий набор инструментов для выборки и фильтрации данных и представления результатов в наглядном виде – интерактивные диаграммы, графики, географические карты и таблицы.
Сегодня AMRmap – источник самой полной, максимально точной и методически выверенной информации. Однако у этой платформы все же имеется недостаток – данные обновляются с задержкой, так как загружаются 1-2 раза в год после завершения очередного этапа исследования.
Использование AMRcloud (AMRcloud.net) позволяет избежать этих ограничений. Платформа AMRcloud продолжает и развивает концепции AMRmap. Её особенности:
Пользователи могут загружать, анализировать, делиться собственными данными по резистентности к антимикробным препаратам.
Объём исследований – от локального эпидемиологического мониторинга в отдельном ЛПУ до больших международных проектов.
Широкий выбор анализируемых параметров, например, различных клинико-эпидемиологических характеристик пациентов, факторов риска развития инфекций и т.д.
Возможность автоматической интерпретации индивидуальных количественных результатов оценки чувствительности на основании современных критериев (EUCAST, CLSI, и др.) по выбору пользователя, обобщения и сравнения данных по любым параметрам, формирования различных отчетов и веб-ссылок.
Пользователи могут обновлять существующие и загружать новые данные с любой периодичностью.
Простая процедура загрузки данных, быстрая обработка, возможность автоматизации позволяют проводить мониторинг в режиме реального времени.
А вы знакомы с платформой AMRcloud? Используете её в своей работе?
***
Продолжаем разговор с заведующим лабораторией антибиотикорезистентности НИИАХ, к.б.н. Михаилом Владимировичем Эйдельштейном про онлайн платформы AMRmap и AMRcloud
Как организован доступ к информации в этих двух системах?
Данные в AMRmap загружают центральные лаборатории стран-участников программы мониторинга. Доступ открытый – все могут просматривать обобщенные данные о распределении видов микроорганизмов, их устойчивости к АМП и распространенности генетических детерминант резистентности на уровне страны, федеральных округов, регионов и городов.
Центры-участники многоцентровых исследований НИИАХ/МАКМАХ facebook.com/iacmac получают авторизованный доступ и могут детально анализировать данные из определенного центра, отдельно или в сравнении с региональными/национальными данными.
Данные на платформу AMRcloud загружают авторизованные пользователи. Загруженные данные и результаты их анализа защищены паролем. Никто, включая администрацию веб-ресурса, не может их просматривать, пока владелец аккаунта не решит ими поделиться.
Для обмена и публичного представления результатов анализа возможно создание:
- временных или постоянных веб-ссылок, открытых или защищенных паролем;
- рабочих групп, команд пользователей и совместных проектов, изменять данные может только «администратор», а просматривать – все участники команды;
- создание и размещение на платформе открытых проектов.
За два года на платформе AMRcloud зарегистрировались более 700 пользователей и более 50 команд, включая 3 региональных. Они создали более 300 проектов и более 500 наборов данных.
На какие моменты, нюансы нужно обратить внимание тем, кто будет использовать эти системы в своей работе?
AMRmap и AMRcloud – это бесплатные и открытые ресурсы, которые должны использовать только специалисты с профильным медицинским или биологическим образованием.
При работе с системой AMRmap важно помнить, что любая информация, отображённая в виде диаграмм , карт и таблиц , контекстно связана с выбираемыми фильтрами.
Платформа AMRcloud предъявляет особые требования к стандартизации и качеству загружаемых данных. Система включает интегрированную систему интерпретации, экспертной оценки данных и выявления потенциальных ошибок, однако возможности и информативность анализа определяются качеством и стандартизацией исходных данных.
Перед началом работы с платформами рекомендуется изучить онлайн инструкции.