Культивирование для оценки инфекционности вируса COVID-19
Viral cultures for COVID-19 infectivity assessment. Systematic review. Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan. medRxiv 2020.08.04.20167932; doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932
Задача обзора - сравнение культивирования SARS-CoV-2 в качестве наилучшего индикатора текущей инфекции и контагиозности с результатами полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). В анализ включены 29 исследований, в которых сообщалось о культивировании SARS-CoV, выделенного из мокроты, носоглоточных или ротоглоточных образцах, мочи, образцах стула, крови и окружающей среды от пациентов с диагнозом Covid-19.
Данные свидетельствуют о связи между временем от сбора образца до анализа, порогом цикла и тяжестью симптоматики.
В двенадцати исследованиях сообщалось, что значения Ct были значительно ниже в образцах, дающих живую вирусную культуру.
В пяти исследованиях сообщалось об отсутствии роста в образцах с определенными пороговыми значениями Ct. Эти значения варьировались от CT> 24 до Ct ≥ 34.
В двух исследованиях сообщается о тесной взаимосвязи между значением Ct и возможностью получить инфекционный вирус; вероятность получения живого вируса снижалась на 33% на каждую единицу Ct. Пороговое значение Ct> 30 ОТ-ПЦР было связано с неинфекционными образцами.
Одно исследование, в котором анализировали фрагменты генов NSP, N и E, полученных в результате ПЦР, сообщало о различных порогах отсечения в зависимости от анализируемого фрагмента гена. Продолжительность выделения РНК, обнаруженная с помощью ПЦР, была намного больше, чем при обнаружении живой культуры.
В шести из восьми исследований сообщалось о выделении РНК более 14 дней. Тем не менее, инфекционность снижается после 8-го дня даже среди случаев с сохраняющейся высокой вирусной нагрузкой. Очень небольшая часть пациентов с положительным результатом повторного тестирования после выписки из больницы или с высоким Ct, вероятно, заразны.
Проспективное рутинное тестирование эталонных и клинических образцов необходимо проводить в каждой стране, вовлеченной в пандемию, чтобы установить надежность ПЦР на Covid-19 и ее связь с различными факторами. Инфекционность вируса связана с датой появления симптомов и пороговым уровнем цикла. Бинарный подход «да / нет» к интерпретации результатов ОТ-ПЦР, не прошедших валидацию на вирусной культуре, приводит ложноположительным результатам с возможной изоляцией значительного числа людей, которые не заразны и, следовательно, не представляют угрозы для общественного здоровья.
